so_sal

Single Nucleotide Polymorphism (SNP)에 대해서.

sosal — Sun, 22 Jan 2012 21:01:49 +0900

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Bioinformatics.

단일염기 다형성 (SNP) 의 정의?

SNP(Single Nucleotide Polymorphism): 단일 염기 다형성.

DNA sequence에서 각 염기에 나타나는 일반적인 돌연변이로, 유전체에서 인종, 개인차, 질병 등을 가져오게 되는 부분입니다.

DNA 염기순서가 개체 사이에서 500 ~ 1,000개 염기 당 1개 정도 나타나며,
이런 미세한 차이에 의해 유전자의 기능이 달라질 수 있습니다.

이런 것들이 유전적인 개인차를 알아내는 유력한 단서가 되며,
인간의 개놈에는 약 300만개의 SNP가 존재한다고 합니다.

RFLP(Restriction fragment length polymorphism)은 특정한 염기배열을 인식하여 절단하는 제한효소로, DNA 유전자를 절단하였을 때, 절단된 유전자의 길이가 개인에 따라 다양하게 나타나는 현상을 이야기합니다.

약 1,000개의 염기마다 나타나는 SNP에 의해 RFLP를 이용하여 개인차를 판별할 수 있습니다.
이것은 유전자의 SNP를 판별할 ‘마커’ 라고 부르는데,
RFLP 마커 뿐만 아니라 HRM, Microsatellite 등 마커의 종류는 굉장히 많습니다.

SNP 빈도는 한 위치의 염기에서 얼마만큼의 확률로 다형성이 존재하는지를 뜻합니다. 많은 사람들의 DNA에서 특정한 SNP를 조사하여 그 빈도를 통계적으로 추정하는 것입니다. 예를 들어, 다수의 사람이 어떤 위치에서 A라는 염기를 가지고 있었는데, 10%의 사람만이 G 염기를 가지고 있다고 한다면, SNP 빈도는 10%이라고 추정할 수 있다는 것입니다.

서로 다른 SNP 간의 linkage disequilibrium?

염색체의 서로 다른 유전자 위치에서 관측되는 대립유전자들 간에 존재하는 특정한 연관관계는 멘델의 유전법칙을 어긋나게 하는 요인인데, 바로 이것을 연관불평형이라고 말한다. 일반적으로 이 수치가 |D’| > 0.8인 경우에 두 SNP는 강한 연관관계가 있다고 판단한다. 아래 D는 다음과 같이 정의한다.

출처: SNP데이터 분석방법

연관성 분석 (association analysis)

연관성 분석(Association analysis)은 데이터들 내에 존재하는 특징 및 샘플 사이의 연관성을 찾아내기 위해 하는 것으로, 데이터들을 분석하는 Data mining 기법들 중 하나입니다. 아래 3가지의 평가 기준을 이용하여 실제 데이터의 연관성을 분석합니다.

1. 지지도(support): 전체 데이터 수에 대한 연관 데이터의 수.

2. 신뢰도(Confidence): 연관된 샘플중 한가지 데이터 수에 대한 연관 데이터의 수
( Support(X,Y) / Suppot(X) )

3. 향상도(Lift): 두가지 항목이 독립적인지 아닌지 판단하는 측도.
Lift(X,Y) = P(X || Y) / P(X) * P(Y) = Confidence(Y) / P (B).

이 값이 1이라면, X, Y데이터는 서로 독립이다. (1보다 크면 양의 연관성, 1보다 작으면 음의 연관성)

이러한 연관성 분석은 시장 분석에서부터 이 문제에서 우리가 수행하고자 하는 SNP와 사람의 특성관계까지도 수치화 할 수 있는데, support, confidence, lift 수치를 구하여 분석하는 것입니다.

Support수치가 분석하고자 하는 연관 규칙이 데이터 집합에 얼마나 자주 적용할 수 있을지를 알려주고, Confidence 수치가 데이터들의 연관되어있는 정도를 나타내주며, Lift 수치를 기준으로 우리가 판단하고자 하는 데이터의 연관성이 데이터들의 무작위적인 추측에 비해 얼마나 더 우수한가를 판별해주는 기준이 됩니다.

틀린 내용이 있다면 지적해주세요. 감사합니다

2011학년도 인하대학교 이공계열 정시 백분위 입결 점수

sosal — Thu, 17 Nov 2011 06:38:48 +0900

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인하대학교 공과대학 (인하공대) 11학번 백분위 점수 입결 평백. 평균백분위

<가군> (수능 100%) 평균백분위

생명화학공학부 91.5775

기계공학부 90.5025

간호학과 90.185

전자전기공학계열 90.0775

신소재공학부 89.7625

나노시스템공학부 89.085

에너지자원공학과 88.545

정보공학계열 87.8025

자연과학계열 87.6875

기초의과학부 86.5925

건축학부 86.555

생활과학부(자연) 86.365

사회기반시스템공학부 86.095

수학통계학부 85.8775

<나군>

생명화학공학부 92.095

전자전기공학계열 90.5375

기계공학부 90.01

간호학과 89.54

신소재공학부 89.1475

나노시스템공학부 88.8525

에너지자원공학과 88.125

건축학부 87.675

정보공학계열 87.4825

자연과학계열 86.2375

수학통계학부 86.04

사회기반시스템공학부 85.8425

기초의과학부 84.3275

생활과학부(자연) 83.215

11학년도에 비해 거의 바뀐게 없네요
다만 의전의 의대변환 때문에
기초의학과 인기가 상당히 떨어진듯..

다이나믹듀오 - 죽일놈 기타코드

sosal — Sun, 23 Oct 2011 16:41:40 +0900

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코드진행: (1CAPO)
FM7 - E7 - Am7 - Gm - C7
FM7 - E7 - Am7 - Gm - (Bb7 - C7)

소녀시대 - The boys 듣기, 악보, 기타코드

sosal — Sun, 23 Oct 2011 15:24:22 +0900

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소녀시대 The boys. 악보 채보해봤습니다.
가사와 기타코드 싱크를 맞추려고 노력했어요.

노래 자체가 음.. 너무 똑같은 음만 계속 나와서 ;;
딱히 통기타로 치기엔 부적합한 노래(?) 같습니다만 ..
그래도 최대한 분위기 내보려고 노력해봤습니다.
중간중간 어색한부분이 분명 있는데, 잘 모르겠네요.
댓글로 조언좀 부탁드려요 ^^

소녀시대 - The boys

음원출처: 4shared. 문제되면 삭제하겠습니다.

F#m A B D
겁이 나서 시작조차 안 해 봤다면 그댄 투덜대지 마라 좀!
F#m A B D
주저하면 기회는 모두 너를 비켜가 가슴 펴고 나와봐라 좀!

F#m - A - B - D
Bring the boys out
Bring the boys out
we Bring the boys out
we Bring the boys out
Bring the boys out

F#m DM7 F#m DM7
순리에 맞춰 사는 것, 넌 길들여져 버렸니? 괜찮니? (get up)
F#m DM7 F#m DM7
암담한 세상이 그댈 주눅들게 만드니? (that's funny) 괜찮니?

DM7 A   B C#7
그냥 볼 수가 없어 난, 부딪히고 깨져도 몇 번이고 일어나
DM7 A B D DM7
날카롭게, 멋지게 일을 내고야 말던 네 야성을 보여줘 My boy
Bring the boys out

F#m - A - B - D
*Girls' generation make you feel the heat! 전 세계가 너를 주목해 (Bring the boys out)
위풍도 당당하지 뼛속부터 넌 원래 멋졌어 You know the girls? (Bring the boys out)

F#m DM7 F#m DM7
흔들리지 말고 그댄 자릴 지켜 원래 전쟁 같은 삶을 사는 인간인걸
F#m DM7 F#m DM7
너는 왜? (yes fly high!) 벌써 왜? (you fly high!) 포기해 Oh, 넌 멀었잖아

DM7 A B C#7
너의 집념을 보여줘 지구를 좀 흔들어줘 모두가 널 볼 수 있게
DM7 A B D DM7
역사는 새롭게 쓰여지게 될 걸? 주인공은 바로 너! 바로 너!
Bring the boys out

F#m - A - B - D
*Girls' generation make you feel the heat! 전 세계가 너를 주목해 (Bring the boys out)
위풍도 당당하지 뼛속부터 넌 원래 멋졌어 You know the girls? (Bring the boys out)

Girls bring the boys out!

I wanna dance right now! 내가 이끌어 줄게 come out.
세상 남자들이여 난, No.1 지혜를 주는 Athena. Check this out!
즐겨봐라, 도전의 설레임 이미 모두 가진 세상의 남자
그대로 쭉 가는 거야 keep up! Girls' generation, We don't stop!
(Bring the boys out)

DM7 A B C#7
막혀버렸던 미래가 안보였던 미래가 네 눈앞에 펼쳐져
DM7 A B D F#m
점점 더 완벽한 네 모습에 마치 난 빨려들 것 같아 My heart

F#m A B D
겁이 나서 시작조차 안 해 봤다면 그댄 투덜대지 마라 좀! (Bring the boys out)
F#m A B D
주저하면 기회는 모두 너를 비켜가 가슴 펴고 나와 봐라 좀! (Bring the boys out)

A
'cause the girls bring the boys out
B
Girls bring the boys out
DM7
Girls bring the boys out
F#m
Girls bring the boys out

F#m - A - B - D
Girls' generation make'em feel the heat! 전 세계가 우릴 주목해 (Bring the boys out)
세상을 이끌 남자, 멋진 여자들 여기 모여라 You know the girls? (Bring the boys out)

윤도현 - 내 사람이여 , 악보 기타코드

sosal — Tue, 11 Oct 2011 14:45:36 +0900

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어색한부분이 좀 있는 것 같습니다.
제가 채보한 코드진행은 매우 쉬운 것 같습니다~ ^^

YB - 내 사람이여.. (이동원)

D A G D G D
내가 너의 어둠을 밝혀줄 수 있다면
G F#m Bm7 Em
빛 하나 가진 작은 별이 되어도 좋겠네
D A Bm G D
너 가는 길마다 함께 다니며
G F#m Bm7 Em A D
너의 길을 비추겠네
D A G D G D
내가 너의 아픔을 만져줄 수 있다면
G F#m Bm7 Em A
이름 없는 들의 꽃이 되어도 좋겠네
D A Bm F#m G D
음 눈물이 고인 너의 눈 속에
G F#m Bm7 Em A D
슬픈 춤으로 흔들리겠네

G A F#7 Bm G Em G A D -
그럴 수 있다면 그럴 수 있다면 내 가난한 살과 영혼을 모두 주고 싶네

G - D - G - A

D A G D G D
내가 너의 사람이 될 수 있다면
G F#m Bm7 Em A7
노래 고운 한 마리 새가 되어도 좋겠네
D A Bm G D
너의 새벽을 날아다니며
G F#m Bm7 Em A D
내 가진 시를 들려주겠네

G A F#7 Bm G Em G A D -

그럴 수 있다면 그럴 수 있다면 이토록 더운가슴 하나로 내가슴에 묻히고 싶네
D C D G Em A D
그럴 수 있다면 그럴 수 있다면
Bm7 E Em A D
네 삶의 끝자리를 지키고 싶네

D C D G Em A D

내 사람이여 내 사람이여

Bm7 E Em A D

너무 멀리 서있는 내 사람이여
(감사합니다 고맙습니다 즐거웠습니다)

D C D G Em A D

Bm7 E Em A D
내 사람이여

Bm7 E Em A D

너무 멀리 서있는 내 사람이여
Bm7 E Em A D

너무 멀리 서있는 내 사람이여

30큡 물고기, 엔젤 11, 수마트라 3

sosal — Tue, 04 Oct 2011 19:17:17 +0900

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수조를 옮기고, 물고기도 많이 바꼈습니다.

수초는 죽어가네요 ㅠㅠ..

Biocomputing 경진대회 1회 수상!

sosal — Tue, 04 Oct 2011 19:10:21 +0900

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1회 전국 대학생 바이오 컴퓨팅 대회에서 우수상을 수상했습니다.

참가자가 무지 많거나, 대회 규모가 크진 않았지만

기분 좋네요 ㅠㅠ

3개의 염기를 아미노산으로 변환하는 함수

sosal — Tue, 04 Oct 2011 18:48:44 +0900

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DNA 염기서열을 이용하여
최종 만들어질 Protein을 구하는 프로그램을 만들 때
구현해봤던 함수입니다.

char translation(string input){

char RET;

switch(input[0]){

case 'A':

switch(input[1]){

case 'A'://AA

switch(input[2]){

case 'A':

case 'G':

RET='K';

break;

case 'C':

case 'T':

RET='N';

break;

}

break;

case 'C'://AC

switch(input[2]){

case 'A':

case 'G':

case 'C':

case 'T':

RET='T';

break;

}

break;

case 'G'://AG

switch(input[2]){

case 'A':

case 'G':

RET='R';

break;

case 'C':

case 'T':

RET='S';

break;

}

break;

case 'T'://AU

switch(input[2]){

case 'G':

RET='M';

break;

case 'A':

case 'C':

case 'T':

RET='I';

break;

}

/////////////////////

break;

case 'C':

switch(input[1]){

case 'A': //CA

;

switch(input[2]){

case 'A':

case 'G':

RET='Q';

break;

case 'C':

case 'T':

RET='H';

break;

}

break;

case 'C': //CC

switch(input[2]){

case 'A':

case 'C':

case 'G':

case 'T':

RET='P';

break;

}

break;

case 'G': //CG

switch(input[2]){

case 'A':

case 'C':

case 'G':

case 'T':

RET='R';

break;

}

break;

case 'T': //CU

switch(input[2]){

case 'A':

case 'C':

case 'G':

case 'T':

RET='L';

break;

}

break;

case 'G':

switch(input[1]){

case 'A': //GA

switch(input[2]){

case 'A':

case 'G':

RET='E';

break;

case 'C':

case 'T':

RET='D';

break;

}

break;

case 'G': //GG

switch(input[2]){

case 'A':

case 'G':

case 'C':

case 'T':

RET='G';

break;

}

break;

case 'C': //GC

switch(input[2]){

case 'A':

case 'G':

case 'C':

case 'T':

RET='A';

break;

}

break;

case 'T': //GU

switch(input[2]){

case 'A':

case 'G':

case 'C':

case 'T':

RET='V';

break;

}

break;

}

break;

case 'T':

switch(input[1]){

case 'A': //UA

switch(input[2]){

case 'A':

case 'G':

RET='0';

break;

case 'C':

case 'T':

RET='Y';

break;

}

break;

case 'G': //UG

switch(input[2]){

case 'A':

RET='0';

break;

case 'G':

RET='W';

break;

case 'C':

case 'T':

RET='C';

break;

}

break;

case 'C': //UC

switch(input[2]){

case 'A':

case 'G':

case 'C':

case 'T':

RET='S';

break;

}

break;

case 'T': //UU

switch(input[2]){

case 'A':

case 'G':

RET='L';

break;

case 'C':

case 'T':

RET='F';

break;

}

break;

}

return RET;

}

Sistar - ma boy 코드 악보, 듣기 자동재생

sosal — Wed, 14 Sep 2011 07:13:52 +0900

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4코드 반복형태의 코드진행입니다.

(A# 코드진행이라, 카포하나 넣고 채보했습니다)

브릿지 부분에서 약간 바뀌기는 하는데, 쉽게 칠 수 있습니다.
아침새벽부터 씨스타 코드악보 채보하면서 하루를 시작하네요~!
이미 나온지 오래 된 노래지만, 악보 찾아봐도 없길래 만들어 봅니다 ^^

저는 DM7 - C#m7 를 오픈으로 자주 치지만, 하이코드로 잡으셔도 문제없습니다.
C#m7 에서, 2번줄에 2 잡아주시면, C#m가 됩니다.

DM7 (open code) DM7 (high code) A7sus4 A7 C#m7

1-2 (얇은줄) 1-5 1-0 1-0 1-0

2-2 2-7 2-3 2-2 2-0

3-2 3-6 3-0 3-0 3-1

4-0 4-7 4-2 4-2 4-2

5-0 5-5 5-0 5-0 5-0

6-2 (굵은줄) 6-5 6-0 6-0 6-0

DM7 - C#m7 - F#m7 - Em A7sus4 A7 진행
AM7 - G#m7 - C#m7 - Bm7 E7sus4 E7 (남자키 5플렛 낮춤)

Sistar19 - Ma boy (1capo)

Let`s go

DM7

S I S T A R Sistar
C#m7

Baby stop breakin` my heart
F#m7

You heard me? No more next time
Em7 A7sus4 - A7

I hope you got that boy

DM7

Hey girls It`s gon` be alright
C#m7

Hey boys Better make it right
F#m7

Hey girls We got ya back
Em7 A7sus4 - A7

got ya back got got got got ya back

DM7 C#m7

말하지 않아도 알 수 있다 했잖아
F#m7

내 맘 어떤지 넌 알고 있겠지
Em7 A7sus4 - A7

그래서 믿고 참고 기다렸지

DM7 C#m7

혼자 두지 않겠다고 했잖아
F#m7

약속했었지 손가락 걸었지
Em7 A7sus4 - A7

그런데 왜 또 거짓말을 해

DM7 C#m7

사랑한다는 말 그리 어렵니 한마디 말이면 되는걸
F#m7 Em7 A7sus4 - A7

너 자꾸 변해가 나도 이젠 조금 지쳐가 Oh Oh

DM7 C#m7
시간이 갈수록 더 모르겠어 좋아질수록 나는 더 아픈데

F#m7 Em7 A7sus4 - A7
(Why you trippin` boy) 날 좀 바라봐

DM7 C#m7

Oh Ma Boy Oh Ma Boy Baby

F#m7 Em7 A7sus4 - A7
니가 무슨 사랑을 알아 내 맘만 아파
DM7 C#m7

Oh Ma Boy Oh Ma Boy Baby
F#m7 Em7 A7sus4 - A7

니가 어떻게 내 맘을 알아 Don`t let me down Boy

너 때문에 내가 미쳐

DM7 C#m7
why try`n play games with me? 너로 인해 하루에도 나는 몇 번씩

F#m7 Em7 A7sus4 - A7
UP & DOWN Don`t let me down 난 울어 매일 밤 No No Stop breakin` ma heart

DM7 C#m7

너는 내 기분도 모르고 눈 돌려 What I got what you lookin`for
F#m7 Em7 A7sus4 - A7

한 눈 팔지마 이게 내 마지막 경고 Oh No This gon` be the last time

DM7 C#m7

사랑한다는 말 그리 어렵니 한마디 말이면 되는걸
F#m7 Em7 A7sus4 - A7

너 자꾸 변해가 나도 이젠 조금 지쳐가 Oh Oh

DM7 C#m7
시간이 갈수록 더 모르겠어 좋아질수록 나는 더 아픈데

F#m7 Em7 A7sus4 - A7
(Why you trippin` boy) 날 좀 바라봐

DM7 C#m7

Oh Ma Boy Oh Ma Boy Baby

F#m7 Em7 A7sus4 - A7
니가 무슨 사랑을 알아 내 맘만 아파
DM7 C#m7

Oh Ma Boy Oh Ma Boy Baby
F#m7 Em7 A7sus4 - A7

니가 어떻게 내 맘을 알아 Don`t let me down Boy

DM7 E

Woo Boy 더 좋아질수록

C#m7 F#m7
Woo Boy 아픈 내 맘을 아니 너
DM7 E

내 맘에 작은 속삭임 때론 나를 보는 따뜻한 눈길

C#m7 F#m7

그거 하나면 돼 오직 너만 원해 아직도 너만 내 맘 모르잖아

DM7 C#m7

Oh Ma Boy Oh Ma Boy Baby

F#m7 Em7 A7sus4 - A7
니가 무슨 사랑을 알아 내 맘만 아파
DM7 C#m7

Oh Ma Boy Oh Ma Boy Baby
F#m7 Em7 A7sus4 - A7

니가 어떻게 내 맘을 알아 Don`t let me down Boy

Ma Boy

음악과 소리로 자신을 치유하기

sosal — Wed, 07 Sep 2011 01:00:11 +0900

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인천 삼산동에 위치한 글로리 병원에서
정신병동 환자들과 함께 노래를 부를 기회를 가지게 되었다.

초라한 기타 하나와 노래 가사가 담긴 페이퍼 2개만으로
사람들을 기쁘게 할 수 있을까? 하는 걱정도 들지만,
병원의 아픈 어린아이들, 어르신 분들 앞에서
내가 좋아하는 음악을 통해 위로해 드릴 수 있는 기회가 나에게 주어졌다니,
기대되고, 기쁘고.. 한편으론 두렵기도 하다.

최근 설계대회, 경진대회 등등
학교다니랴, 대회나가랴, 영어공부하랴 무지 바쁘지만..
그래도 병원에서 더 좋은 시간을 만들기 위해
'음악치료'에 관련된 책을 도서관에서 찾아보기로 했다.

그리고 고른 두 권의 책.

인간행동과 음악
소리치료 - 음악과 소리로 자신을 치유하기

인간행동과 음악이라는 책의 차례를 훑어보면
감상심리치료, 노래심리치료, 연주심리치료로 크게 3가지로 나누어
'음악치료'에 대해서 설명하고 있는데
본인의 음악에 대한 무지.. 때문에 쉽게 이해하기는 힘들었다.

특히 관심있는 챕터인 '노래심리치료' 페이지에서는 목소리의 기능, 의미부터
목소리의 치료적 의미 등 아주 근본적인 부분부터 조목조목 자세히 설명해주고 있다.

( 즐기자고 시작한 노래와 기타연주를 이런식으로 접근하는 글을 보니 잘 와닿지는 않는다 ;; )

또한 말하기와 노래부르기의 차이점도 차근차근 설명하면서,
사람들이 노래를 부를 때 목소리에 심리, 정서적 특성이 어떤식으로 반영되는지 설명해준다.

심리학적으로 목소리를 분석한 첫 임상가인 Paul Moses의 말을 아래에 인용해봤다.

'' 목소리의 역동적 분석이 곧 마음의 역동적 측면을 반영해준다 ''
모든 감정은 각기 다양한 음색으로 표현되는데, 심리적 위축감을 경험하는 경우
이러한 표현력과 다양성이 결여된다고 하였다. 그렇기 때문에 내재된 감정 작업에 있어
말로 하는 상담보다는 노래를 중심으로 할 때, 문제에 대한 접근과 치료가 직접적이라고 하였으며
나아가 언어중심 치료와 목소리 심리치료를 병행할 것을 제안하였다.

뿐 만 아니라, 중간선율로서의 노래, 노래의 외현화 기능, 투시적 기능, 인지치료적 기능 등
노래를 이용한 치료가 어떤 기능을 하는지 자세하게 말해주고 있는다.
이 책의 내용을 십분 활용하여 병원 사람들과 좋은 시간을 가질 수 있도록
나만의 음악치료법을 연구해봐야겠다.

또, 이런 기회를 주신 글로리병원 관계자분들 감사를 드리고 싶다.